“高淳”，一说以民风淳朴得名。二说因民风不古，以“高淳”寓“司导教化”之义。明初，京师应天府以“地广难治”为由，奏割溧水县南9乡置县，“初拟淳化，钦定高淳”。

周景王四年（前541），置濑渚邑。

周景王五年，改名为陵平。

周景王十六年（前529），楚国攻打吴国，占领陵平，更名为平陵，属楚国。

秦汉时期属溧阳县。

三国吴属永平县。

西晋太康元年（280），又恢复设立溧阳县。

隋、唐属溧水县。

元属溧水州。

明朝弘治四年（1491），析溧水县西南部7乡置高淳县，属应天府。

清属江宁府。

1914—1927年，属金陵道。

1934—1937年，属江宁行政督察区。

1949年属苏南行署镇江专区。

后曾属江苏省镇江专区（地区）、常州专区。

1983年划属南京市。

2013年，由高淳县更名为高淳区，名称沿用至今。