1356年，明太祖朱元璋攻占集庆，改名应天府，取“顺应天时”的意思。名洪武十一年（1378年）改称应天为京师。永乐帝迁都北京顺天府后，改北京为京师，原来的京师（应天）为南京。

春秋时期属吴国。

战国时期先属越后属楚。

楚威王初，于此置金陵邑。

西汉初先属荆国，后属吴国，又属江都国。

元封初年（前110），属丹阳郡。

东汉建安十七年(212，)改为建业县。

西晋太康元年(280)，复称秣陵县，并分置临江县，翌年改称江宁县。

三年分为秣陵、建邺2县。

建业元年(313)，为避避愍帝司马邺讳，改建邺县为建康县。

三国吴、东晋和南朝宋、齐、梁、陈均定都于此。

隋开皇九年(589)，废建康县入江宁县。

唐武德三年(620)，改江宁县为归化县，九年改归化县为白下县，属润州。

贞观九年(635)，改白下县为江宁县。

至德二年(757)，为江宁郡治，乾元元年(758)，改江宁郡为昇州，并为浙西节度使治。

上元二年(761)，改江宁县改为上元县，废昇州，至光启三年(887)，复置昇州。

五代吴越国分置江宁县，上元、江宁2县同城而治，并为昇州治。

武义二年(920)，升昇州为金陵府。

南唐升元元年(937)，改金陵府为江宁府，南唐立为西都（以江都为东都）。

北宋开宝八年(975)，改江宁府为昇州。

天禧二年(1018)，再改昇州为江宁府，并置建康军。

南宋建炎三年(1129年)，改江宁府为建康府，建行都，置行宫留守。

元至元十四年(1277)，置建康路。

天历二年(1329)改为集庆路。

《元史》卷六十二：“天历二年，以文宗潜邸，改建康路为集庆路。”元末改称应天府。

明洪武元年（1368），明太祖朱元璋在应天府称帝，并称为南京。

洪武十一年改称京师。

永乐十九年(1421)，复称南京。

明崇祯九年（清崇德元年）（1636），清朝改为江宁府，废南京称号，属江南省。

康熙六年(1667)，属江苏省。

1853-1864年，太平天国定都于此，称天京。

1911年，复号南京。

1914-1927年，于此置金陵道。

1927年，国民政府定南京为首都，辖原南京城外郭以内和江浦县浦口镇，始置南京市。

1928年改为南京特别市。

1930年，改称南京直辖市，又称“首都市”。

1949年，由中华人民共和国中央人民政府直辖。

1952年改为江苏省辖南京市。

1971年江浦县划入。

1975年六合县划入。

1983年溧水、高淳2县划入。